Муку упаковывают в чистые, сухие, плотные мешки весом нетто 65—70 кг. Соевую муку упаковывают и в бумажные многослойные мешки емкостью до 25 кг. На каждом мешке имеется маркировка (ярлык), где указываются вид, сорт, дата изготовления, наименование мельницы и т. д.
Мука должна храниться в чистом, сухом помещении, вдали от остропахнущих товаров, так как она легко воспринимает запахи. Не допускаются резкие колебания воздуха во избежание отпотевания муки. Лучшая температура воздуха — 15°, относительная влажность — 75%. Мешки укладывают в штабеля на подтоварники летом до 8, зимой до 12 рядов. Рекомендуется мешки перекладывать снизу вверх и обратно, чтобы мука не слеживалась. Для муки предельные сроки хранения не установлены. В магазине муку следует хранить 15 дней. Во время хранения в муке происходят различные процессы: созревание, самосогревание и др.
После помола муку употреблять сразу в хлебопечение не рекомендуется, она должна вылежаться от 5 до 15 дней. За это время мука становится светлее, качество ее улучшается, т. е. происходит процесс созревания.